內門紫竹寺正殿右室，附設有「義民祠」神房，在臺灣的寺廟中這是一個特例。系供奉「義民神祇」劉明元等五十一位，俱為內門區先民。
義民祠源自於清道光十二年(西元一八三一)九月，嘉義張丙之亂，到處為所欲為攻城掠莊，自奉為「開國大元帥」，建號「天運」。當時鳳山縣有許成者，平素游手好閒綽號「大肚」，得知嘉義張丙之事，於十月十三日在觀音山豎旗響應，被亂民公推為「大哥」，在角宿庄(今官田區)紮營，號稱「大哥營」。十月十四日攻阿公店(今岡山)，被官軍千總許日高擊退，至月底又再攻鳳山縣署，亦遭擊退。十二月初攻入臺灣縣羅漢內門庄，至初八許成被官軍逮捕斬首，亂事始告平定。
正當許成率領「大哥營」亂民，攻入羅漢內門庄時，庄民為保鄉護民遂組織義勇隊自衛，劉元明受推為義首，號召庄人抵抗亂民。首戰於內門庄的石山嶺腳埔尾(今觀音里)，戰況甚為慘烈，義首劉元明等二十九人與匪徒遭遇時，奮戰不懈而陣亡，義民陳甫等三人於銀錠山腳竹篙寮(今內南里)陣亡，李茂賢等二人在蝦蟆林(今內東 里夏梅林)陣亡，連榮等三人在大崙尾埤仔墘(今東埔村)陣亡，呂杞等六人在羅漢門庄之粟倉后田洋(今觀亭里)及觀音亭後(今觀亭里)陣亡。
此次亂事，義民與亂民交戰，共有五十一位義民不幸犧牲。亂事平定後，羅漢門監生游思賢倡議在內門紫竹寺，立祠奉祀陣亡義民。自此之後，紫竹寺例於每年農曆十二月初二，舉辦隆重祭典祭祀義民。
此次亂事，義民與亂民交戰，共有五十一位義民不幸犧牲。亂事平定後，羅漢門監生游思賢倡議在內門紫竹寺，立祠奉祀陣亡義民。自此之後，紫竹寺例於每年農曆十二月初二，舉辦隆重祭典祭祀義民。
義民祠內並配祀有三位神祇，其一為：臺灣府臺灣縣分防羅漢軍糧廳葉文炳，二為：署臺灣城守營左軍守備從征明臺OOO應琛 (OOO字跡剝落無法辯識)，三為：臺灣鎮標右營駐劄羅漢門本部主陳天用。這三位清代官員能在義民祠內享香火奉祀，是因有功於羅漢門。葉文炳係浙江慈豁監生，雍正九年任羅漢門縣丞，內門紫竹寺創建係由葉文炳所倡功不可沒，另二位為武官，似係因平定該次亂事有功而受列祀。正是《禮記．祭法》所云：「法施於民則祀之，以死勤事則祀之，以勞定國則祀之，能禦大災則祀之，能捍大患則祀之。」
羅漢門人為紀念捍衛鄉土的義民，以及對羅漢門有功之官員，由內門紫竹寺負責供奉、四時祭祀，俱見內門紫竹寺在羅漢門人心目中之地位。值得一書的是，五十一位義民分屬 內門區各個角落，亦有一、二人為其他鄉人。內門紫竹寺奉祀之「義民祠」與其他各地之「義民祠」有所不同，義民包括了原住民、客家人、河洛人，為抵禦亂民保衛鄉土而族群大融合。
內門紫竹寺對於羅漢門的「人文化成」推動不遺餘力，其中最足稱道者為與「萃文書院」之關係。萃文書院位於觀亭村觀音街四十二號，正當於內門紫竹寺西側約五十公尺處，觀亭國小左邊。內門地區文風向來鼎盛，古來即有「九萬十八千，八秀三貢生」之鄉諺。
萃文書院創建於清道光二十五年(西元一八四五)，最初係清嘉慶年間當地士子集資，每年輪流祭祀文昌帝君，漸漸累積一筆公積金，於是士子倡議建一公廟，除奉祀文昌帝君外，並用為延聘教師教育子弟之場所。經推舉董事貢生黃玉華、監生蕭作文負責興建事宜，經於紫竹寺西側購置田地，鳩工興建，完成之後題名為「萃文書院」。書院的經費由學田田租收入及地方士紳義捐捐金支應，有清一代日夜書聲朗朗，為羅漢門及鄰近地區造就不少人才。
至日據時代因皇民化運動，日本政府禁止臺灣人受中國教育，萃文書院遂被冷落幾至荒廢。光緒二十八年(西元一九○二)，內門公學校創校曾借用書院充為教室。當時萃文書院為鼓勵鄉內子弟向學，設置就讀中等學校以上獎學金，嘉惠貧困子弟。至清宣統二年(西元一九一○)內門公學校遷往內埔，民國二十九年，觀亭公學校創校，書院捐贈土地充為建校之用，亦提供院舍充為觀亭公學校教室。迨臺灣光復後，政府於民國四十一年，政府實施三七五減租、耕者有其田等土地改革政策，翌年廟產(學田)遂被徵收放領給佃農所有。
萃文書院原用為維持書院事務經費之 「學田」被放領後，書院已無經費來源，致後繼無力。民國五十七年間，書院大殿因遭受災風而損毀，於民國六十一年會員捐資重建，無如時運不濟，屋漏偏逢連夜雨，主殿工程構築之時又遭到雷殛。至此萃文書院已無力再加以興建。民國六十四年間經會員大會通過合併於內門紫竹寺，由內門紫竹寺接管並予重建；每年祭典亦由內門紫竹寺辦理。萃文書院最早係供奉文昌帝君，光復後向政府辦理寺廟登記時，萃文書院登記為孔廟，主祀孔子，從祀文昌帝君，民國七十二年向高雄縣政府登記核准為「儒教」。
萃文書院由內門紫竹寺管理後積極重建，計耗資五百餘萬元，於民國六十七年完工落成。萃文書院為一座二樓宮殿式建築，一樓為長青俱樂部老人活動的場所，二樓供奉孔子諸賢及文昌帝君神像，每年農曆二月二十三日辦理文昌帝君祭典；祭孔大典則在國曆九月二十八日孔子誕辰日舉行。
由於當時內門鄉並無圖書館，內門紫竹寺於民國七十五年元月在萃文書院設立圖書館，並聘管理員主持館務。因圖書館之成立，萃文書院又恢復往昔文教機能，成為鄉內學子讀書的好所在。民國七十八年八月，紫竹寺捐獻寺左側廟地一百多坪供鄉公所興建鄉圖書館，紫竹寺並將原有圖書悉數移交鄉公所，而使剛落成之圖書館，不費分文即有藏書三千三百多本。目前圖書館藏書已達一萬七千多本，為內門鄉文化機構，帶動讀書風氣，居功厥偉，由此可以看出內門紫竹寺，推動「人文化成」造福鄉梓之努力。
清季大陸先民爭相來台開墾，時有祖籍福建省德化縣五穀溪郭元興氏，於康熙年間，為藉神祐渡海平安，又初至荒蠻，無以憑依，為求平安保福，仍迎請先祖供奉之觀音佛祖渡海來台。
初至台後，逐擇居於清時藷羅縣轄治之「大傑巔社」(即今之現址)。環境四週群山羅列，綠水曲流、遍地翠綠，甚利農耕；自是漢人移入日眾，聚居成一庄社。
相傳郭氏於廳堂供奉觀音佛祖之香爐，屢不翼而飛，後均發現在附近林中之三叉樹枝上(香爐及三叉樹枝現仍置於本寺殿內)。
此事傳開後，信眾甚感靈異，即徵得郭氏之同意，大家共議，就在林中原樹幹下為基地，初建簡祠奉祀觀音佛祖；因此，爾後故稱佛祖渡海來台之原住地為「祖厝」。
「飲水思源」為紀念及感謝郭氏族人，內門紫竹寺出資位於寺右前方，原郭氏先人來台的落腳處，興建一座三合院落之「郭元興祖厝」，以資保存祖厝史蹟。
